É muito importante que os laboratórios sigam diretrizes elaboradas por especialistas para que a qualidade dos exames seja mantida e acompanhe as novas tecnologias disponíveis. Muitas dessas diretrizes são estabelecidas por grupos internacionais, como por exemplo o American College of Medical Genetics (ACMG), e guiam os laboratórios na execução dos testes, determinando e permitindo a manutenção dos padrões de qualidade.
Para os exames de painéis de genes, por sequenciamento de nova geração, esses padrões incluem a padronização e validação dos exames antes de realizar o teste de um paciente e os parâmetros que devem ser adotados para todas as etapas do processamento dos exames validados, desde os preparos iniciais como a extração do material genético (DNA) até a análise dos dados e elaboração do laudo.
Ao receber o laudo, é interessante que o médico avalie parâmetros de qualidade apresentados pelo laboratório executor. Laboratórios referência incluem em seus laudos a relação de todos os genes analisados, plataforma utilizada, critérios de classificação de variantes, além de bancos de dados, bibliografia atualizados e cobertura da região sequenciada.
As variantes detectadas devem ser reportadas seguindo as regras de nomenclatura internacionais, indicadas pelo Human Genome Variation Society (HGVS). Isso permite que independente do laboratório que realizou o exame, a variante seja reconhecida pela equipe médica que acompanha o paciente e interpretada da mesma maneira por todos. A nomenclatura também tem importância em casos onde a variante precisa ser pesquisada em familiares do paciente, garantindo que a mesma variante detectada anteriormente está sendo avaliada e evitando um resultado falso negativo.
As diretrizes para a classificação das variantes em termos de significância clínica, também são determinadas pelo American College of Medical Genetics (ACMG). As alterações encontradas podem ser classificadas como: variantes patogênicas, variantes provavelmente patogênicas, variantes de significado incerto, variantes provavelmente benignas e variantes benignas.
O que significa cada classificação?
- Variante patogênica: variantes reconhecidas como causadoras de doenças, alguns critérios para uma variante ser classificada como patogênica são: variantes já identificadas em pacientes afetados, com estudos funcionais e depositadas como patogênicas em bancos de dados específicos, variantes que provocam a perda de função da proteína (nonsense, frameshift, sítios de splicing), variantes raras e ausentes nos bancos de dados populacionais, variantes que segregam com a doença em uma família.
- Variante provavelmente patogênica: variantes que apesar de não reportadas em bancos de dados ou na literatura científica e que não foram avaliadas em estudos funcionais, podem levar à alteração da função proteica (nonsense, frameshift, sítios de splicing).
- Variante de significado incerto: variantes cujas evidências científicas disponíveis não permitem concluir se trata-se de uma variante benigna ou patogênica. Geralmente são variantes raras, ausentes ou em baixa frequência nos bancos de dados populacionais, sem relatos anteriores e preditas como modificadoras da função proteica por programas computacionais (in silico).
- Variante provavelmente benigna: variantes para as quais não foi reconhecida ou não se espera nenhuma patogenicidade (silenciosas, intrônicas) mas que não preenchem todos os critérios para serem classificadas como benignas.
- Variante benigna: variantes com evidências suficientes para classificação como benignas, comprovadamente reconhecidas por não conferirem patogenicidade.
Devido à sua extensão, os laboratórios podem optar por não reportar em laudo as variantes benignas e provavelmente benignas (polimorfismos comuns), deixando-as disponíveis para consulta mediante solicitação.
A classificação e interpretação das variantes refletem o conhecimento científico disponível na literatura no momento da emissão do resultado. Assim, as variantes provavelmente patogênicas e principalmente as variantes de significado incerto podem vir a ser reclassificada, devendo ser investigadas na literatura científica futuramente.
Por fim, é importante que o laboratório seja claro e objetivo ao relatar, interpretar e concluir um resultado. Laudos com comentários confusos podem gerar interpretações equivocadas, atrapalhando a conduta médica e levando dúvidas ao paciente.
